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口腔記憶體在著多達數百種細菌，正常情況下這些細菌對口腔組織並不造成威脅，許多細菌相互制約，可以維持菌群的平衡。但當機體的防禦系統遭受破壞時，有些細菌便會乘機而人，導致相關組織發生炎症乃至壞死。牙髓病大多為多種細菌的混合感染。
過去普遍認為，導致牙髓病的細菌主要為葡萄球菌、梭形桿菌及其他微生物。20世紀70年代以來,隨著醫學研究技術水準的提高，一些學者先後發現:厭氧菌(anacrobic bacteria)和兼性厭氧菌(facultative anaer-obic bacteria) 才是導致牙髓感染的優勢菌。其主要有牙髓卟啉菌(porphyromonas endodontalis)、牙齦卟啉菌(porphyromonas gingiralis)、產黑色素的中間普氏菌(prevotalla intermedills)、小韋榮氏球菌(V·parula)、梭形桿菌(fasobacterium)等革蘭染色陰性厭氧菌;還有消化鏈球菌(peptococci)、鏈球菌(streptococcus)、乳酸桿菌(lactobacilli)、真桿菌(eubacterium)、放線菌(actinomyces)等革蘭染色陽性厭氧菌。
牙髓病的病情嚴重程度除了機體的反應能力外，還與感染細菌的種類及數量有關，混合細菌感染比單一細菌感染症狀嚴重。牙髓病大都由混合菌群感染,較少由單一種類細菌感染。
有人研究認為:卟啉菌屬是牙髓感染的特有病原菌,而卟啉菌和普氏菌、消化鏈球菌、真桿菌等與根尖部出現的疼痛、腫脹、叩痛及竇道形成等有關。其中產黑色素普氏菌、牙髓卟啉菌和牙齦卟啉菌，與急性根尖周炎的症狀和根管內惡臭關係最密切;而頑固性根尖周病變和竇道經久不愈可能與放線菌感染有關。在大多數情況下，細菌通過暴露的牙本質小管或直接從暴露的牙髓感染;少數情況下細菌可從牙周感染灶經根尖周的側副根管或根尖孔逆行感染。細菌的代謝產物，如內毒素及各種酶類可作為免疫源引起機體的免疫反應，其結果除產生對機體有益的抗體外，更重要的是造成組織的損害。如臨床上出現的疼痛、腫脹及化膿性病變等。因此,可以這樣認為:細菌的代謝產物是炎症反應的重要物質,牙髓炎和根尖周炎都是機體免疫反應的結果。
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